L’opera venne commissionata all’artista dalla potente Arciconfraternita dei Parafrenieri Pontifici ed era destinata all’altare maggiore della loro sede, la chiesa di Sant’Anna dei Palafrenieri presso la Basilica Vaticana.

L’opera di Caravaggio doveva sostituire un vecchio dipinto (conservato oggi nella sagrestia vecchia) che non entrava più nel nuovo altare che era stato allestito nella Basilica Vaticana.

Il dipinto venne rifiutato dai committenti, perché fece scandalo il Bambino, troppo cresciuto per essere ritratto completamente nudo e l’abbondante scollatura della Madonna.

L’opera venne quindi venduta per 100 scudi alla famiglia Borghese